L'histoire de Spirit Tracks se déroule des dizaines d'années après la fin des aventures de Phantom Hourglass. La princesse Zelda est la cible de deux méchants qui cherchent à libérer le seigneur démoniaque Mallard, emprisonné dans la Tour des Dieux d'Hyrule. Ces derniers vont ainsi affaiblir le sceau qui protège la Tour en question, et voler le corps de Zelda afin d'y loger l'âme du démon. Link et l'esprit de la princesse vont devoir s'unir pour combattre le mal et sauver le monde. A bord d'une locomotive sacrée, Link va parcourir les quatre contrées d'Hyrule pour tenter d'accéder au sommet de la Tour et affronter leurs ennemis.

Bien que cet opus reste dans la lignée de Phantom Hourglass de par son graphisme en cel-shading et son gameplay, Spirit Tracks corrige les erreurs de son prédécesseur. Ainsi, il se révèle bien plus riche en quêtes annexes, ce qui lui confère une durée de vie d'une dizaine d'heures. Des nouveautés côté gameplay sont également à noter. En effet, la naissance d'une coopération entre Link et Zelda ainsi que les voyages en locomotive apportent un plus non négligeable au titre.

Au final, l'aventure principale est bien rythmée et bourrée d'humour. Spirit Tracks exploite davantage les fonctionnalités de la console portable de Nintendo, comme le micro. Un petit bémol tout de même, le mode multi-joueurs est sans grand intérêt. Non jouable en ligne, il est également très long à charger.